Ответ на вопрос: а зачем вообще понадобилось менять структуру местного самоуправления в Пскове?

Очень правильный вопрос. Ответ короткий - незачем. Ответ подробный -
так установил Закон "Об общих принципах организации местного
самоуправления в Российской Федерации", принятый в 2003 году и
открывший реформу местного самоуправления по всей стране. Сейчас
пока что эта реформа привела только к двум результатам - переделу
власти и переделу собственности. Реформа обязала определиться с
моделью органов местного самоуправления не только вновь созданные
муниципальные образования - городские и сельские поселения, но и те,
где местное самоуправление было создано после 1995 года, в том числе
города и районы, ранее принявшие свои уставы. И выбор представительные
органы власти делают именно из трех моделей, вынесенных на референдум.
То есть у местных депутатов появилось искушение и возможность
переписать уставы под себя и частично - под губернаторов.
Там, где было решено сохранить прямые выборы глав администраций,
общественных конфликтов не возникло. Где, как и в Пскове, местные
депутаты и губернаторы воспользовались законом для отмены прямых
выборов главы города, возникли конфликты граждан и властей.
Устав с моделью выборов главы города из состава депутатов городской
Думы принят в Пскове уже трижды, но пока что не зарегистрирован. Вне
зависимсти от того, пройдет он государственную регистрацию или нет,
референдум остается единственной возможностью отстоять право граждан
на прямые выборы руководителя города.